In Salzburg übernahm Peiffer Watenphul am 1.September 1943 eine Lehrtätigkeit an der Kunstgewerbeschule. Er hatte viele Schüler und wurde zum geistigen Mittelpunkt eines Kreises von jungen Künstlern, darunter Agnes Muthspiel, Herbert Breiter, Rudolf Hradil und Poldi Schöghofer. Freundschaftlich verbunden war er mit Eduard Bäumer, mit dem er zusammen arbeitete, Ausflüge in die Umgebung machte und in dessen Atelier er Akt zeichnete.

Während der Jahre in Salzburg 1943 bis 1946 schuf Peiffer Watenphul zahlreiche Gemälde und Aquarelle von der Stadt und ihrer Umgebung. In Salzburg malte er wie besessen, als müsste er die drei in Krefeld verbrachten Jahre, in denen er nicht malen konnte, wieder einholen.

Aber trotz der Beliebtheit Peiffer Watenphuls und seiner Verdienste als Künstler nahmen für ihn als deutschen Maler die Schwierigkeiten zu. Man verweigerte ihm die Aufenthaltserlaubnis. Er litt seelisch unter diesen Zuständen so sehr, dass er sich entschloss, Österreich zu verlassen und nach Venedig zu gehen, wo seine Schwester Grace wohnte. Ohne Papiere ging er mit einem Führer in einer eisigen Herbstnacht 1946 über die Berge nach Südtirol und von dort nach Venedig, wo er zwölf Jahre blieb.